中華基督教會公理書院的使命是為學生提供一個富有挑戰和充滿關懷的學習環境，以培養他們成為滿有自信的年青人，鼓勵他們不斷終身學習；並且以基督教的價值觀薰陶和塑造他們成為對社會深具責任感的人才。